Abstract:
Tiga puluh genotipe nenas hibrida dan tetuanya ‘Smooth Cayenne’ dan ‘Queen’ dari
Pusat Kajian Buah-buahan Tropika (PKBT) IPB telah dianalisis keragamannya berdasarkan
penanda RAPD. Analisis ini dilakukan untuk mengevaluasi jarak genetik dan pola hubungan antar
genotipe F1 hasil persilangan. Di dalam studi ini digunakan 13 primer RAPD. Hasil analisis
similaritas menunjukkan rentang koefisien kemiripan antar genotipe yang berbeda adalah 0.43- 0.81.
Berdasarkan hasil analisis clustering, dendrogram dapat dibentuk menjadi empat kelompok
genotipe utama, yang dipisahkan pada koefisien kemiripan 0.60. Hasil analisis komponen utama,
menunjukkan bahwa data RAPD yang terwakili 70% keragaman pada 105 profil pita DNA RAPD
yang diamati baru dapat diperoleh pada sebelas komponen utama pertama. Hasil analisis korelasi
parsial antara karakter kualitatif dan profil RAPD (primer) pada taraf kepercayaan 95-99%,
menunjukkan bahwa fragmen DNA OPE7 baris 5 yang cenderung berasosiasi dengan karakter
kelopak warna putih perak dan buah kuning emas. Fragmen DNA SBR4 baris 4 yang cenderung
berasosiasi dengan karakter warna buah hijau setelah matang. Sedangkan fragmen SOB2 pita 13
yang cenderung berasosiasi dengan karakter duri tidak merata
