Abstract:
Kakao merupakan tanaman potensial, informasi lengkap termasuk molekuler sangat diperlukan untuk pengembangan ragam
selanjutnya. Tujuan penelitian adalah mengevaluasi keragaman genetik, hubungan kekerabatan dan identifikasi kultivar tanaman kakao
baik secara morfologi maupun molekuler. Penelitian dilaksanakan di lapangan, yaitu di Kabupaten Pinrang dan Luwu Provinsi
Sulawesi Selatan, serta di Laboratorium Biologi Molekuler, BB-Biogen, Bogor. Penelitian dimulai Maret sampai Desember 2011.
Bahan tanaman yang digunakan 17 aksesi kakao. Selain pengamatan karakteristik morfologi, dilakukan juga analisa molekuler dengan
beberapa tahapan: Isolasi DNA mengikuti metode CTAB Doyle dan Doyle, pemurnian DNA mengikuti metode Sambrook dan
Russel, penetapan kualitas DNA, dan Reaksi amplifikasi dan elektroforesis mengikuti metode Williams. Sedangkan untuk uji
similaritas digunakan software N-Tsys. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 46 pola pita yang dihasilkan oleh 8 primer diperoleh
36 pita polimorfisme (78%) dan 10 pita monomorfik. Analisis kluster terhadap 14 karakter utama morfologi tanaman kakao
menghasilkan dendrogram dengan koefisien kemiripan berkisar antara 65-98% atau terdapat keragaman genetik sebesar 2-35%.
Sedangkan analisis kluster terhadap 46 pola pita DNA menghasilkan dendrogram dengan koefisien kemiripan berkisar antara 64-91%
atau terdapat keragaman genetik sebesar 9-36%. Hasil analisis secara morfologi maupun molekuler, keduanya menunjukkan variasi
yang sempit.
